大変申し訳ございません。現バージョンのBabelでは、プロジェクトの設定を保存することができない仕様となっております。
ご不便をおかけ致しますが、下記に対応策をご案内いたしますので、ご活用ください。
① Babelを起動し、「プロジェクトの設定」を開き、保存したい設定内容に変更し、「OK」をクリックして下さい。
② メニューより「ファイル」→「名前を付けて保存」を選択し、適当な名前を付けて保存して下さい。
③ 保存されたプロジェクトファイルから起動することで、プロジェクトの設定がされた状態でBabelをご利用いただくことが出来るようになります。